目的:探讨宏基因组测序(mNGS)技术在新生儿败血症治疗中的应用价值。方法:回顾性分析2012年1月至2023年1月在首都儿科研究所新生儿病房住院诊断为新生儿败血症的病历资料,根据是否完善下一代测序NGS检查分为NGS组与非NGS组,比较两组患儿临床表现、实验室炎症指标检查、临床治疗时间。其中,NGS组患儿中比较mNGS和传统病原学检测的检出率,分析NGS组患儿中宏基因组测序结果对临床治疗时间的影响。结果:收集符合标准的患儿共144例,其中非NGS组患儿81例,NGS组患儿63例。两组患儿主要以发热、呼吸困难、血象异常为临床表现,差异均无统计学意义(P>0.05)。实验室检查中,中性粒细胞(NEU)及C-反应蛋白(CRP)等数值差异有统计学意义(P<0.05)。NGS组患儿在整体治疗时间上少于非NGS组,但差异无统计学意义(P>0.05)。NGS组患儿血液阳性检出率为48.57%,痰培养阳性检出率为100%,脑脊液阳性检出率为52.94%,宏基因组测序在3种体液中的检出率均高于传统病原学检测(P<0.05)。与未检出或低置信度结果相比,高置信度宏基因组测序结果40例,检出阳性率63.49%,但在治疗时间上高置信度宏基因组测序结果与其他宏基因组测序结果相比减少(P<0.05)。结论:宏基因组测序高置信度结果对临床治疗具有较高的指导意义。在临床高度怀疑存在感染且传统病原学检测未能明确病原体时,建议应尽早选择宏基因组测序技术。